Э. X. Ленц родился в 1804 г. в г. Дерпте (ныне Тарту).
Высшее образование Ленц начал в Дерптском университете (ныне Тартуский университет) на теологическом (богословском) факультете, на котором он пробыл только два года. Еще совсем молодым человеком (ему было всего 19 лет) Ленц был принят в состав участников экспедиции, отправляющейся, как тогда говорили, в «кругосветное плавание» на корабле «Предприятие», под начальством известного русского моряка Коцебу. На этом корабле Ленцем выполнены были первые его научные работы, в частности работы, относящиеся к области физической географии, изложенные затем в статье под названием: «Физические наблюдения, произведенные во время кругосветного путешествия под командованием капитана Отто фон-Коцебу в 1823, 1824, 1825 и 1826 годах».
Трудно точно сказать, что заставило молодого теолога оставить навсегда теологию и отправиться в далекое плавание в качестве физика экспедиции. Достоверно известно только то, что рекомендовал молодого Ленца начальнику экспедиции Коцебу профессор Дерптского университета Паррот, впоследствии член Петербургской Академии наук. Как показало дальнейшее. Паррот не ошибся в своей рекомендации: из начинающего теолога, почти мальчика, в очень короткое время образовался, точнее сказать, самообразовался крупный физик - исследователь и изобретатель.